內部審計檔案是內部審計部門辛勤勞動結果的最終見證，內部審計檔案管理也是內部審計工作的重要組成部分。

認真做好內審檔案的管理工作，可以更好的總結內審經驗，提高內審質量，交流內審成果，研討內審理論，同時也能為今后利用內審工作檔案材料，提供完整而充分的原始資料。

一、內部審計檔案管理主要包括以下四方面內容：

1．立項性文件材料。主要有：審計通知書；審計工作方案；審計項目委托協議書(授權或委托審計通知書)；單位自查報告；被審單位基本情況；上級機關對本項目審計的指示和意見。

2．證明性文件材料。主要有：被審計單位情況表；審計承諾函；審計證據(審計取證，旁證材料)；審計工作底稿；依法做出審計結論的法規目錄或摘錄；上級機關對本項目問題處理的政策界限。

3．結論性文件材料。主要有：內部審計報告；審計報告征求意見書；被審單位對審計報告提出的書面意見；有關審計項目的請示、報告、批復、批示等文件材料；審定審計報告的會議紀要；審計意見書；審計決定；被審單位執行審計意見或審計決定情況報告等。

4．其他備查文件材料。主要有：審計報告執行情況復查；新聞報道；項目工作總結或經驗介紹；單位負責人有關檔案資料等。

二、加強內審檔案管理，應該重點做好以下五個方面工作

1.提高內審部門負責人的認識。提高認識是加強內審檔案管理的前提。內審部門負責人應該本著對事業負責的精神，加強對內審檔案管理工作的領導，在人員配備上，挑選素質高、責任心強的審計人員擔任此重擔。

2.制定規章制度，加強規范管理。內審部門所在的單位應該制定《內部審計檔案管理辦法》，使內部審計檔案管理工作有章可依，促進企業內部審計達到制度化、科學化、規范化。

3.認真收集整理內審項目的審計資料。在審計過程中，所形成的審計通知、審計方案、審計工作底稿、審計證據、審計報告、被審計單位的反饋意見、審計結論和決定等，均是審計檔案的原始資料。同時，部分外界材料也是審計檔案保管的對象，如：外單位對被審單位的調查報告、新聞報道等。因此，在進行一個審計項目時，內部審計人員認真收集整理有關內審項目的各種審計資料。

4.認真抓好立卷歸檔工作。內審檔案立卷歸檔要按照“誰審計，誰立卷”的基本原則，即由審計項目負責人立卷。在審計過程中，項目負責人要結合審計工作的具體分工，確定審計人員收集整理資料的范圍內容，加以分析綜合，形成立卷材料，按審計檔案立卷規定的具體要求立卷歸檔，以確保審計檔案質量。

內審檔案一般按照所屬單位（部門）立卷分類，然后再根據審計項目分類，如可以分成：財務收支審計類檔案；經濟責任審計類檔案；建設工程審計類檔案；專項調查審計類檔案；授權及委托審計類檔案等。

審計檔案的立卷歸檔可以采用人工與微機相結合的辦法。即：檔案管理人員將應立卷的資料進行收集歸類，然后分類進行編號輸入檔案管理軟件。這樣通過人工和微機相結合處理的審計檔案，案卷既整齊規范，查找時一目了然，也為利用者提供了迅速、準確、快捷的查找方式。

5.做好內審檔案管理的監督工作。內部審計檔案的管理工作有較強的政策性、科學性和技術性，內部審計部門負責人要經常督促內審檔案管理人員做好立卷歸檔工作，不斷提高內審檔案管理水平。