魚類的免疫系統是魚體自身抗病力的物質基礎，魚類免疫器官的生長、發育、成熟及細胞免疫、體液免疫都直接體現著魚類機體免疫功能的狀況。研究表明：一些化合物包括核苷酸、葡聚糖和益生菌可增強非特異性防御機制和特異性免疫應答，主要增強魚類的原始免疫應答體系。因此在水產養殖中，這些化合物作為魚類免疫調控手段具有一定的應用價值。

1.核苷酸核苷酸是一類由嘌呤堿或嘧啶堿、核糖或脫氧核糖以及磷酸三種物質組成的化合物，也包括所有富含嘌呤堿或嘧啶堿的復合物。這些化合物在魚類的一些生理生化反應過程中是必需的，包括基因信息的編碼與解碼，能量代謝和細胞信號的調停。同時也是構成輔酶，變構效應因子及細胞興奮劑的成分。Burrells等人在對魚類核苷酸供應的研究中指出：每日供應核苷酸可增強鮭科魚類對病毒性，細菌性及寄生蟲類疾病的抵抗力，提高疫苗的效力和魚體的滲透調節能力。此外，把這些化合物和Toll樣受體結合起來可刺激細胞內細菌DNA的活性并可激發魚體的原始免疫應答及適應性應答。據報道攝食核苷酸能夠影響巨噬細胞和自然殺傷細胞的活性。Sakai等人以草魚為例得出外源核苷酸可以增加酶的溶菌活性，前腎吞噬細胞產生更多的超氧化陰離子，進而影響了原始免疫系統的體液及細胞液組成。Lietal于2004年報道用添加核苷酸的飼料飼喂的雜交條紋鱸魚比正常飼喂的魚，其血液內嗜中性粒細胞中氧化原子團的產量更高。另外，核苷酸也會影響淋巴細胞的活性和免疫球蛋白的產生。Ramadan等人首次觀察了攝食核苷酸后的效應，對羅非魚進行肌肉注射或用含嗜水氣單胞菌的福爾馬林溶液浸浴后，會對其體液及細胞液內免疫應答產生刺激效應。用添加核苷酸的飼料飼喂的魚比用基礎飼料飼喂的魚，其體內的抗體效價更高，淋巴細胞分裂反應更明顯，這和虹鱒，雜交條紋鱸魚和大西洋鮭試驗中的現象一致。

2.葡聚糖是對魚類的免疫刺激試驗中最常使用的物質之一。不同來源、不同組成的β-葡聚糖，通常是添加在飼料中，也可通過腹內注射或用于疫苗的佐劑。β1-3葡聚糖和β1-6葡聚糖是酵母菌和真菌細胞壁的主要組成成分。這些多糖對魚類沒有抗原性，但已證明是魚類非特異性抗細菌防御機制的較好的激活劑。注射葡聚糖可以增加巨噬細胞的活性，補體激活和溶菌酶的含量，進而促進了魚類的原始免疫應答。此外，一些研究表明注射葡聚糖可以提高機體抗菌防御效應及疫苗的效力。同樣，口服這些化合物產品也能夠刺激魚體的免疫應答和抵抗疾病的能力。Engstad和Robertsen將含有葡聚糖的殺鮭氣單胞菌疫苗注入大西洋鮭魚體內6周以后，發現注射這種疫苗的魚相比僅注射疫苗的魚，體內產生的抗體更多。

3.益生菌益生菌是有益于腸道菌群生態平衡的有機物。Fuller指出益生菌是投喂后，通過改善宿主腸道菌群生態平衡而發揮有益作用，達到提高宿主（人和動物）健康水平和健康佳態的活菌制劑及其代謝產物。水產養殖中使用的許多益生菌屬于乳酸菌，桿菌類，光合細菌或酵母菌，其他種類的益生菌也有使用，包括硝化細菌，鏈球菌以及雙歧桿菌。使用益生菌的益處包括提高飼料價值，有助于酶的消化，抑制致病微生物，抗誘變及防癌，促進生長和提高免疫應答。研究表明使用桿菌類能夠改善水質，提高幼期大明蝦的存活率、生長率和健康狀態。而且，益生菌還可通過Toll樣受體，其他細胞受體及體液因素刺激魚體的原始防御機制。益生菌在水產動物中的使用促進了水產養殖行業的可持續發展。